El Plan Operativo Anual de la Secretaría Ejecutiva del CIAT, está alineado con el Plan Estratégico desarrollado en el marco del ejercicio de Planificación a través de funcionarios delegados, aportes y sugerencias de los países miembros de todas las regiones.

El presente plan incluye la proyección financiera, incluyendo las partidas presupuestarias, para cada uno de los programas y actividades de la Secretaría Ejecutiva, sus proyectos y sub proyectos. Los mismos cuentan además con indicadores operativos, tácticos y estratégicos.

Para el proceso de planificación y posteriormente para su seguimiento, la Secretaría Ejecutiva construyó un sistema de información que permite acumular las actividades hasta la consolidación de tableros de comandos estratégicos y tácticos, la construcción del presupuesto asociado a actividades, y la generación de los insumos para la carga de las partidas y los cupos presupuestarios en el sistema contable. Adicionalmente se han diseñado artefactos de reporte y seguimiento asociados a las herramientas de planificación.